在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。

星元122年―― 　　这是众多企业扩展至宇宙，并构筑了巨大经济圈的时代。 　　从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利，作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员，过着充满邂逅和刺激的学园生活。 　　奎达工厂事件两周后，斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。 　　与此同时，米