突然，受到从时空门出现的敌人袭击的宝太郎及其同伴们。被迫陷入苦战之中，察觉到敌人从未来传送过来…！为了守护现在与未来，宝太郎与凛音穿越时空前往荒废的未来。在那里的是昔日从困境中拯救宝太郎等人，掌握着故事的关键，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。

从公司辞职的希（唐田英里佳 饰）在便利店打工，每天过着枯燥而麻木的日子，她不敢把自己的现状告诉父母，在打工的地方也总是做不好，觉得很没面子。某日，中学时代的同班同学加奈子（芋生悠 饰）来到店里，希的日常生活一点一点开始变化。

寻找101体〈Chemi〉！ 　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！ 　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！ 　　101张卡片进行形态变换！？ 　　高中生?一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。 　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！